Cette église fut fondée par la communauté de frères carmélites au début du XVIIIème siècle, et est le bâtiment religieux le plus ancien de San Fernando encore en fonctionnement aujourd’hui. C’est une église typiquement de Cadix, où le Baroque et le Néoclassique se mélangent harmonieusement.
En plus de son intérêt artistique, elle a un intérêt historique, puisqu’après la signature de la Constitution de Cadix c’est dans cette église qu’ont continué les sessions des Cours Générales entre le 14 octobre 1813 et le 15 janvier 1814, devant l’impossibilité de continuer à les tenir dans le Théâtre Comique à la suite du refus de son propriétaire.
Le 27 novembre 1813, les Cours Générales approuvèrent entre ces murs la dénomination actuelle « San Fernando » en honneur du Roi Fernand VII et de la concession du Titre de “Vill3”.